Manu Fernandes es un jugador que se formó en las categorías inferiores del Benfica, equipo al que perteneció hasta el verano de 2006, luego jugó cedido en el Portsmouth y Everton, y en su regreso a Portugal, el Valencia lo fichó por 18 millones de euros, y tras no triunar y jugar poco se fue cedido en enero de 2008 al Everton inglés, siendo su segunda etapa con los "toffees".
Es un medio centro organizador de corte defensivo que tiene una gran visión de juego y una buena técnica aparte de un gran golpeo del balón.
Ya ha jugado varios partidos en la selección absoluta.